Osobiste pamiątki ks. Jerzego Popiełuszki i dokumenty z czasów, w których żył i został zamordowany, można oglądać w muzeum księdza w podziemiach kościoła św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu.

W tym kościele kapelan Solidarności odprawiał msze, przy nim został pochowany. Stajemy przy grobie męczennika, kapłana, który wielu doprowadził do Boga. Stajemy przy grobie kapłana, który mówił – ja nie mogę opuścić ludzi, nie mogę odejść – powiedział proboszcz parafii św. Stanisława Kostki ks. prałat Zygmunt Malacki.

Muzeum składa się z kilku „tematycznych” sal. Do jednego z pomieszczeń prowadzą autentyczne drewniane drzwi z wiejskiego domu rodzinnego księdza. Na ścianach wiszą pamiątkowe zdjęcia, nad kaflowym piecem pleciona kołyska.

Są listy z okresu dwuletniej służby w wojsku, do którego Popiełuszkę, wraz z innymi klerykami, wcielono na drugim roku seminarium duchownego. W kolejnym pokoju stoi biurko z maszyną do pisania. Są także emblematy „Solidarności”, szarfy z nagrobnych wieńców.

W muzeum są fotografie i filmy pokazujące represje w PRL, m.in. podczas tłumienia robotniczych protestów w 1970 roku, zdjęcia ze strajków w 1980, jest też sala poświęcona ofiarom stanu wojennego, których imiona wyryto na tworzących ścianę cegłach.

W ciemnej „sali śmierci” przepływająca w podłodze woda przypomina miejsce w Wiśle, gdzie oprawcy wrzucili skatowanego księdza, przezrocza rzucane na ścianę pokazują zmasakrowane ciało ks. Popiełuszki.

Kościół to garb, którego nie można usunąć operacyjnie, z którym trzeba żyć – ta sentencja generała Wojciecha Jaruzelskiego z 1987 roku znajduje się w salce urządzonej przez IPN.

Są tam także okładki teczek MSW z nadrukami „sprawa obiektowa”, „teczka pracy”, „teczka personalna”, „kwestionariusz ewidencyjny”, „sprawa operacyjnego rozpracowania”. Jest także kopia teczki z postępowania przeciw Jerzemu Popiełuszce w związku z „nadużywaniem wolności sumienia i wyznania oraz działania na szkodę PRL”.