Istnieją liczne, istotne dokumenty potwierdzające gotowość świadomej i tajnej współpracy ks. Stanisława Wielgusa z organami bezpieczeństwa PRL. Z dokumentów wynika, że została ona podjęta - ogłosiła Kościelna Komisja Historyczna. Arcybiskup Wielgus zaprzeczył większości zarzutów.
Współpraca z SB była zakazana przez Episkopat. W dokumentacji IPN zachowały się opinie funkcjonariuszy wywiadu PRL odnoszące się do materiałów SB, które pośrednio wskazują, że działalność ks. Stanisława Wielgusa w środowisku lubelskim mogła wyrządzić szkody różnym osobom z kręgu Kościoła. Natomiast jeśli chodzi o współpracę z wywiadem PRL, analiza dokumentów nie pozwala jednoznacznie stwierdzić, że ks. Stanisław Wielgus wyrządził komukolwiek szkodę - czytamy w komunikacie.
Komisja nie wyklucza, że w przyszłości mogą pojawić się nowe materiały na omawiany temat, które - jeśli zajdzie taka potrzeba - zostaną poddane analizie i ocenie. Komisja przedłożyła swoje sprawozdanie Księdzu Arcybiskupowi Stanisławowi Wielgusowi z prośbą o zajęcie stanowiska. W odpowiedzi Ksiądz Arcybiskup zaprzeczył większości stwierdzeń zawartych w materiałach organów bezpieczeństwa PRL, które IPN udostępnił Komisji. Stwierdził m.in., że nigdy nie wyrządził nikomu żadnej krzywdy swoimi czynami czy słowami - czytamy w komunikacie Kościelnej Komisji Historycznej. Sam arcybiskup Wielgus nadal milczy, mimo apeli innych duchownych jak na przykład arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego:
Komunikat przejrzała reporterka RMF Agnieszka Milczarz:
Wcześniej fakt współpracy z SB potwierdziła świecka komisja, powołana przez Rzecznika Praw Obywatelskich. Mimo to po południu abp Stanisław Wielgus przejął kanonicznie urząd nad archidiecezją warszawską. Liturgiczne przejęcie urzędu odbędzie się w niedzielę podczas ingresu do archikatedry warszawskiej.
Episkopat nie zamierza oceniać ani oświadczenia abpa Wielgusa ani jego bolesnej dla Kościoła przeszłości. Kościół milczy, bo mimo odkrycia prawdy o abp. Wielgusie jest bezradny. Kościół, w sensie Episkopatu, jest na pewno w trudnej sytuacji i nie może nic zrobić, ponieważ nad biskupem jest tylko papież i jego sumieine - uważa Ewa Czaczkowska, publicystka „Rzeczpospolitej”. Tylko od sumienia abpa Wielgusa zależy, czy obejmie urząd metropolity warszawskiego.
