Były szef Agencji Wywiadu został oskarżony przez warszawską prokuraturę o przekroczenie uprawnień i bezprawne posiadanie tajnych notatek z rozmowy z Janem Kulczykiem z 2003 roku. Akt oskarżenia prokuratura przesłała już do sądu. Siemiątkowskiemu grozi do trzech lat więzienia.
W śledztwie warszawskim chodziło o sprawę zapisków z rozmowy Siemiątkowskiego, jako szefa AW, z Janem Kulczykiem z 31 lipca 2003 na temat spotkania tego biznesmena w Wiedniu z Władimirem Ałganowem. Na podstawie swych zapisków z tej rozmowy szef AW zrelacjonował jej przebieg oficerowi AW, który sporządził tajną, oficjalną notatkę. Prokuratura oskarżyła Siemiątkowskiego, że nie dopełnił obowiązków funkcjonariusza publicznego i naruszył zasady ochrony informacji niejawnych.
To pierwszy akt oskarżenia wobec Siemiątkowskiego. Jest on też podejrzany przez prokuraturę w Katowicach o przekroczenie uprawnień przy zatrzymywaniu w 2002 r. przez UOP b. prezesa PKN Orlen Andrzeja Modrzejewskiego.
Z kolei prokuratura w Poznaniu postawiła mu zarzut złamania tajemnicy państwowej - chodzi o "przeciek" ze śledztwa ABW do działaczki SLD w sprawie kontraktów płockiego przedsiębiorcy z PERN.
