Podczas rozmowy ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego z prezydentem Lechem Kaczyńskim padły konkretne nazwiska księży-agentów SB. Krakowski duchowny wyjaśnił, że spotkanie umówiono na osobistą prośbę prezydenta.
- Nie będę ukrywał, że pan prezydent pytał mnie o konkretne osoby. Ja odpowiadałem tak: Jeżeli zetknąłem się w aktach IPN z tą osobą, to mówiłem, że tak i jak mniej więcej ta sprawa wygląda. Natomiast mówiłem z góry, że o osobach – tej czy tamtej – nie wiem - tłumaczył po spotkaniu ks. Zaleski. W czwartek duchowny ma się spotkać z kardynałem Stanisławem Dziwiszem.
Krakowski duchowny znany jest ze swej opinii na temat lustracji w Kościele. W wyniku jego pracy badawczej powstała lista księży-agentów służb specjalnych, którą ks. Zaleski chciał ujawnić. Zaniechał tego jednak po zakazie wydanym przez krakowską kurię.