Mimo dramatycznej akcji ratowniczej nie udało się uratować 55 osób. Kiedy Jan Heweliusz płynął ze Świnoujścia do Ystat, szalał sztorm, o sile huraganu. Wiatr wiał z prędkością 160 kilometrów na godzinę. Fale sięgały pięciu metrów.
Heweliusz zatonął 20 mil morskich od niemieckiej wyspy Rugia. Wspomnień sprzed 13 lat wysłuchała reporterka RMF Aneta Goduńska:
Twoja przeglądarka nie obsługuje standardu HTML5 dla audio
Zatonięcie promu "Jan Heweliusz" to największa z katastrofa z udziałem polskich statków w czasach pokojowych. Zginęło w niej 55 osób: 35 pasażerów, w tym dwoje dzieci, i 20 członków załogi. Odnaleziono 39 ciał. Zginęli obywatele Polski, Austrii, Węgier,
Szwecji, Czech i Norwegii.
W nocy z 13 na 14 stycznia 1993 roku "Heweliusz" wypłynął w rejs ze Świnoujścia do szwedzkiego Ystad. Około godziny 5.30 w odległości 20 mil morskich od wybrzeży niemieckiej wyspy Rugia prom zatonął. Jego wrak spoczywa na głębokości 25 metrów pod powierzchnią morza.
Postępowanie w sprawie katastrofy prowadziły przez kilka lat Izby Morskie w Szczecinie i Gdyni. Izba pierwszej instancji obarczyła winą kapitana promu. W kolejnym procesie kapitana oczyszczono z zarzutów.
Osobne procesy, wytoczone przez wdowy i sieroty po ofiarach katastrofy, toczyły się przez kilka lat w sądach Szczecina i Poznania. Rodziny domagały się wyższych odszkodowań, niż im przyznano.
W 2003 roku Sąd Okręgowy w Szczecinie oddalił pozwy wdów o odszkodowania, argumentując, że roszczenia uległy przedawnieniu. Winą za ten stan rzeczy wdowy obarczyły reprezentującego je pełnomocnika i złożyły na niego zażalenie. Sąd Apelacyjny w Poznaniu pół roku później uchylił wyrok sądu szczecińskiego.
Wdowy po marynarzach wygrały jednak w końcu z państwem polskim w Europejskim Trybunale Praw Człowieka w Strasburgu. Trybunał przyznał 11 wdowom po marynarzach odszkodowanie za straty moralne w wysokości 4,5 tys. euro dla każdej z nich.