Agonia Jana Pawła II trwała trzy dni, od 31 marca do 2 kwietnia. Na umieranie papieża patrzył cały świat. Watykan był bardzo oszczędny w informowaniu o tym, jaki jest stan zdrowia papieża. Wszyscy z niepokojem czekali na kolejne komunikaty Watykanu. A te były coraz bardziej dramatyczne.
W czwartek późnym wieczorem, ostatniego dnia marca, światowe agencje podały niepokojące informacje, że stan papieża pogorszył się. Jan Paweł II dostał wysokiej gorączki, spowodowanej infekcją układu moczowego. Najbliższe otoczenie papieża uszanowało jego wolę, by nie przewozić go do szpitala. Udzielono mu ostatniego namaszczenia.
Jeszcze w piątek, 1 kwietnia o świcie podano, że po czwartkowym kryzysie, po przyjęciu antybiotyków stan Jana Pawła II ustabilizował się. Jednak już o 7 rano rzecznik Watykanu Joaquin Navarro Valls poinformował, że stan papieża pogorszył się i jest bardzo ciężki. Doszło do zakażenia krwi i kryzysu kardiologicznego. Jan Paweł II przyjął wiatyk, komunię udzielaną w obliczu śmierci.
W piątkowy wieczór, o 19, w trzecim już tego dnia komunikacie Stolica Apostolska poinformowała, że stan zdrowia Jana Pawła II znów się pogorszył. Wystąpiła niewydolność naczyniowa, spadło ciśnienie krwi, a oddech stał się płytki. Godzinę później włoska telewizja RAI podała, że elektrokardiogram papieża jest płaski. Watykan zaprzeczył. Na Placu Świętego Piotra, w kościołach całego świata ludzie modlili się w intencji umierającego papieża.
Jan Paweł II zmarł w sobotę, 2 kwietnia 2005 roku wieczorem. Szczegóły tego, co działo się w papieskim apartamencie były długo okryte tajemnicą. Po kilku miesiącach Watykan opublikował jednak specjalny zbiór dokumentów o ostatnich chwilach papieża. Wiadomo, że rano w dniu swojej śmierci Jan Paweł II zdołał jeszcze przyjąć watykańskiego sekretarza stanu, kardynała Sodano. Po południu zwrócił się do osób, obecnych przy jego łóżku z ostatnimi słowami: "Pozwólcie mi iść do domu Ojca".
W dniach żałoby po śmierci papieża Jana Pawła II RMF całkowicie zmieniło swoją ramówkę i emitowało specjalne wydania Faktów. Nasi dziennikarze byli z Wami w całej Polsce, Rzymie i innych miastach świata. W tych pamiętnych dniach współpracowaliśmy z redakcją "Tygodnika Powszechnego" i wydawnictwa ZNAK. Owocem tej współpracy jest książka "Czuwanie", poruszające świadectwo wydarzeń związanych ze śmiercią polskiego papieża.