Biskup Jan Szkodoń nie jest już biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej. Papież Franciszek przyjął jego rezygnację - poinformowała nuncjatura apostolska w Polsce.
W grudniu 2021 roku bp Jan Szkodoń skończył 75 lat, czyli osiągnął wiek emerytalny.
W sprawie bp Jana Szkodonia 27 maja 2019 do nuncjatury apostolskiej w Warszawie trafiło pismo zaadresowane do papieża Franciszka z korespondencją zawierającą świadectwo pokrzywdzonej molestowaniem kobiety.
Następnie w wyniku zgłoszenia przez pokrzywdzoną przestępstwa, prokuratura 10 września 2019 wszczęła dochodzenie wobec bpa Jana Szkodonia w sprawie doprowadzenia małoletniej "do wielokrotnego poddania się lub wykonania bliżej nieustalonej do chwili obecnej czynności seksualnej, nadużywając stosunek zależności", tj. o przestępstwo z art. 199 par. 2 Kodeksu karnego. W ciągu czterech miesięcy zapadła ostateczna decyzja o umorzeniu dochodzenia ze względu na istniejący w polskim prawie okres przedawnienia.
Relacje krakowskiego biskupa pomocniczego z 15-letnią wówczas Moniką zostały opisane 10 lutego 2020 r. w reportażu Marcina Wójcika "Zły dotyk biskupa z Krakowa" na łamach "Gazety Wyborczej". Zgodnie z reportażem do molestowania nieletniej miało dochodzić w Krakowie, począwszy od 1998 r. Kobieta wspomina w reportażu, że biskup był przyjacielem jej rodziny i często bywał w ich domu, a potem pod różnymi pretekstami zapraszał ją do swojego mieszkania na ul. Kanoniczej.