Teraz jednak w zasobach Instytutu Pamięci Narodowej odnaleziono nowe dokumenty, wśród nich informacje dotyczące trzech tajnych współpracowników SB, których wykorzystywano do inwigilacji Pyjasa i grupy opozycjonistów z nim związanych. IPN odtajnił nazwiska tych TW, a prokuratura ustaliła ich miejsca zamieszkania.

Zwłoki Stanisława Pyjasa znaleziono 7 maja 1977 r. w bramie kamienicy przy ulicy Szewskiej w Krakowie. Prokuratura, która tuż po śmierci studenta prowadziła śledztwo, umorzyła sprawę, twierdząc, że Pyjas "spadł ze schodów".

Wznowienie śledztwa w tej sprawie stało się możliwe po przełomie politycznym 1989 roku; podjęto je na nowo w 1991 r., a potem kilkakrotnie podejmowano, za każdym razem umarzając z powodu niemożności wykrycia sprawców.

Zarzuty utrudniania śledztwa z lat 70. przedstawiono sześciu osobom. Według prokuratury, w wyniku działalności oskarżonych zaprzepaszczono szanse na ustalenie okoliczności śmierci Pyjasa. Trzech z oskarżonych zmarło w toku postępowania, dwóch zostało prawomocnie skazanych, zaś proces przeciw b. wiceministrowi SW gen. Bogusławowi Stachurze, z powodu złego stanu zdrowia oskarżonego, został zawieszony.