Według „Super Expressu”, Marek Papała został zastrzelony, bo zbyt dużo wiedział o związkach polityków z mafiosami, między innymi z niejakim Ryszardem Koziną vel Ricardo Fanchinim, szefem jednej z najpotężniejszych grup mafijnych w Europie. Papała został zastrzelony przed swoim domem w czerwcu 1998 r.
Wykonawcą wyroku na Papale miał być Rafał Kanigowski pseudonim „Gruby”, podwładny wiedeńskiego bossa „Baraniny”. Ciało Kanigowskiego policjanci znaleźli pod Warszawą we wrześniu 1998 roku.
„Super Express” nieoficjalnie donosi także, że w sprawie Papały ciekawe informacje może przekazać organom ścigania Grzegorz Żemek, skazany za aferę FOZZ, który chce zostać świadkiem koronnym.
Kilka dni temu „Rzeczpospolita” napisała, że Ryszard Bogucki, płatny zabójca z Podbeskidzia, przyznał się policyjnemu agentowi, że to on strzałem w głowę zabił byłego szefa polskiej policji generała Marka Papałę. Prokuraturze zabrakło jednak dowodów, by mu to udowodnić.