Korzystając ze swoich uprawnień marszałek Sejmu zlecił Najwyższej Izbie Kontroli przeprowadzenie kontroli finansowania ze środków publicznych Kościołów i związków wyznaniowych „ze szczególnym uwzględnieniem Kościoła katolickiego”. Zlecona kontrola miałaby objąć okres czterech lat od listopada 2019 i wszystkie sposoby wsparcia Kościołów środkami publicznymi.
W piśmie do prezesa NIK marszałek Hołownia podkreślił, że konstytucja, obowiązujące w Polsce prawo międzynarodowe i ustawy gwarantują wolność myśli, sumienia i wyznania, zakazując jednocześnie dyskryminacji z powodu przekonań religijnych. Jak podkreślił, konstytucja nakazuje zachowanie przez władze publiczne bezstronności w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych, z jednoczesnym obowiązkiem zapewnienia swobody ich wyrażania w życiu publicznym.
Zdaniem marszałka z przepisów tych wynika, że niedopuszczalne jest "zobowiązywanie kogokolwiek do finansowego wspierania obcych mu wspólnot religijnych, w szczególności zobowiązanie do płacenia podatku kościelnego na rzecz wspólnoty religijnej, z którą podatnik się nie utożsamia".
Szymon Hołownia podkreśla jednocześnie, że obywatele mają prawo do swobodnego świadczenia na rzecz Kościołów i innych związków wyznaniowych oraz instytucji charytatywno-opiekuńczych.
Zgodnie z wnioskiem marszałka Sejmu zlecenie dla NIK obejmuje skontrolowanie m.in. środków wydatkowanych w ramach subwencji oświatowej na finansowanie nauki religii, wydatków na utrzymanie i wynagrodzenia kapelanów zatrudnionych w służbach, inspekcjach i strażach.
Skontrolowaniu przez NIK mają też podlegać wydatki z Funduszu Kościelnego, ulgi, zwolnienia i preferencje podatkowe oraz celne stosowane względem kościołów i innych związków wyznaniowych oraz inne formy wsparcia finansowego lub majątkowego ze środków publicznych.