Czesław Kiszczak podejrzany o przekroczenie uprawnień. Taki zarzut postawił ostatniemu peerelowskiemu ministrowi spraw wewnętrznych, prokurator z pionu śledczego delegatury IPN w Koszalinie.
Chodzi o bezprawne według Instytutu, wydalenie ze służby ponad dwadzieścia lat temu jednego z podwładnych. Wydalenie to uzasadniono ważnym interesem służby, którym - jak się okazało podczas IPN-owskiego śledztwa - było przystąpienie córki porucznika do pierwszej komunii. Działanie Kiszczaka IPN uznał za zbrodnię komunistyczną podlegającą na „stosowaniu represji w postaci dyskryminacji wyznaniowej”.
W czasie przesłuchania, które odbyło się w mieszkaniu podejrzanego, Kiszczak nie przyznał się do zarzutu. Wyjaśnił, że „każde państwo, każda władza stosuje określone prawa i tak było również w PRL”, a on sam „nigdy nie naruszał żadnych praw i działał zawsze zgodnie z ich duchem i literą”.
Czesław Kiszczak jest też jednym z 9 oskarżonych w procesie o bezprawne wprowadzenie 13 grudnia 1981 r. stanu wojennego. Odpowiada również przed sądem za wysłanie bez podstawy prawnej 13 grudnia 1981 r. tajnego szyfrogramu do jednostek milicji mających m.in. pacyfikować zakłady strajkujące po wprowadzeniu stanu wojennego. Według oskarżenia, szyfrogram ten był podstawą działań specjalnego plutonu ZOMO, który 15 i 16 grudnia 1981 r. strzelał do górników w kopalniach "Manifest Lipcowy" i "Wujek”.