Na Uniwersytecie Jagiellońskim pracuje obecnie około 10 tajnych współpracowników SB - szacują historycy, którzy opracowali raport o inwigilacji UJ w latach 80. W dokumencie przekazanym władzom uczelni badacze nie podają, kto kryje się za 140 kryptonimami, jakie znaleźli w archiwach IPN.

Rektor UJ prof. Karol Musioł podczas konferencji prasowej powiedział, że osoba, która świadomie współpracowała z SB, nie powinna być nauczycielem akademickim. Zaznaczył jednak, że wobec osób, które współpracowały z SB, konsekwencje służbowe będą wyciągane dopiero wtedy, gdy sąd potwierdzi, że złożyły one fałszywe oświadczenia lustracyjne. Do składania oświadczeń pracownicy naukowi będą zobowiązani po wejściu w życie nowych przepisów lustracyjnych.

Rektor UJ zapowiedział też, że raport IPN po uzupełnieniu i dodatkowym opracowaniu zostanie opublikowany jako praca naukowa. Według prof. Tomasza Gąsowskiego, który przewodniczył zespołowi historyków, materiały te zostaną wydane jeszcze w tym roku. Sprawozdanie z prac historyków zostanie zamieszczone w Internecie.

Nazwiska 26 tajnych współpracowników SB - pracowników i studentów UJ - ujawniła jesienią 2005 r. i w lutym 2006 r. działaczka podziemnej „Solidarności” Barbara Niemiec, która uzyskała w IPN status pokrzywdzonej. Rektor UJ spotkał się z pracownikami uczelni, których nazwiska znalazły się na tej liście, ale nie przyznali się oni do współpracy.

W grudniu 2006 r. Komisja ds. Inwigilacji Uniwersytetu Jagiellońskiego przez PRL-owską Służbę Bezpieczeństwa potwierdziła fakt rejestracji 12 osób - obecnych bądź emerytowanych pracowników UJ - jako tajnych współpracowników lub konsultantów SB. W przypadku czterech osób, których nazwiska są w raporcie komisji, wnioskowała ona, by ludzie ci nie zajmowali stanowisk kierowniczych, a w jednym, by osoba ta w ogóle nie pracowała jako nauczyciel akademicki.