Od wtorku do końca listopada odwiedzający jasnogórskie sanktuarium mogą zwiedzać XVII-wieczną kryptę w podziemiach Kaplicy Matki Bożej, w której przez kilka wieków chowano paulińskich mnichów. Listopad to jedyny w roku miesiąc, kiedy można zwiedzić to jedno z najstarszych miejsc w sanktuarium.
Krypta jest atrakcją turystyczną, ale musimy pamiętać, że jest to przede wszystkim miejsce spoczynku zmarłych i naszej modlitwy - zaznaczył, informując o otwarciu krypty, rzecznik Jasnej Góry o. Michał Bortnik.
W krypcie, na wprost wejścia znajduje się ołtarz, przy którym kapłani odprawiają msze św. za zmarłych, szczególnie w pierwszych dniach listopada. Wokół ołtarza ustawione są urny z wypisanymi imionami i nazwiskami paulinów. Dalej znajduje się 36 wnęk grobowych, w których przez sześć wieków ojcowie i bracia paulini byli chowani w niszach wykutych w skale.
Mnisi żyjący według reguły św. Augustyna do ub. wieku zachowywali rodzaj pochówku pozbawiony nagrobków ziemnych. Zmarłego wystawiano w drewnianej trumnie w kościele, aby można było pożegnać się z nim i odprawić nabożeństwo, po czym znoszono ciało do podziemi, gdzie układano je na desce z kamieniem pod głową i zamurowywano w niszach. Po ok. stu latach wnęki opróżniano, a prochy wsypywano do urn.
Przed ołtarzem w krypcie znajduje się płyta przykrywająca grobowiec. Szczątki pochowanych tam zmarłych zostały zebrane z różnych miejsc na Jasnej Górze i złożone tam we wspólnym grobie w 1836 r.
Na ścianie przed wejściem do krypty znajduje się tablica z wykazem pochowanych zakonników. W krypcie spoczęli m.in. przełożeni generalni Zakonu Paulinów, wśród nich o. Pius Przeździecki - trzykrotnie usuwany przez władze carskiej z Jasnej Góry, m.in. w 1895 r. za przynależność do tajnego związku księży absolwentów petersburskiej Akademii Duchownej.
Inny generał to o. Piotr Markiewicz, pamiętany jako wybitny kaznodzieja i działacz społeczny czynny w większości akcji podejmowanych przez radę miejską i diecezjalną w Częstochowie, zwłaszcza na polu oświaty i działalności charytatywnej, a także opieki nad pielgrzymami.
W krypcie spoczywa też o. Alojzy Wrzalik, który był generałem paulinów w czasie komunistycznych prześladowań lat 50-tych XX wieku i stanął w obronie uwięzionego Prymasa Wyszyńskiego.
Pochowani są tam ponadto przeorzy Jasnej Góry: o. Kajetan Raczyński, obrońca Jasnej Góry w okresie stalinizmu, więziony przez władze komunistyczne w latach 1950 i 1952r., o. Norbert Motylewski, przeor czasu II wojny światowej. Spoczywa tam również o. Polikarp Rawicki, zakonnik ratujący w czasie II wojny światowej życie wielu ludziom, pracujący w ruchu oporu, a także profesor w tajnym nauczaniu.
Pochówki znajdują się także w innych miejscach Jasnej Góry, ale nie są one udostępniane pielgrzymom. Pod bazyliką jest krypta, w której pochowane są osoby świeckie z zasłużonych dla kraju i sanktuarium rodów. To najstarsza na Jasnej Górze krypta pochówkowa, pochodząca prawdopodobnie z okresu zbliżonego do czasu pierwszego murowanego kościoła - sprzed 1460 r.
Z kolei pod posadzką części chórowej bazyliki natrafiono na pochówki ziemne - najprawdopodobniej z czasu, gdy wokół wcześniejszego kościoła drewnianego istniał cmentarz.
Do tzw. dużego kościoła przylegają dwie prywatne kaplice grobowe. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w połowie XVIII w. na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów.
Zmarli obecni są także na Jasnej Górze w postaci relikwii. W XVII-wiecznej Kaplicy Świętych Relikwii przechowywane są setki relikwiarzy z doczesnymi szczątkami świętych, np. św. Walentego, Joanny Beretty Molli czy bł. Carlo Acutisa.
W tylną ścianę ołtarza w Kaplicy Matki Bożej wmurowany jest relikwiarz ufundowany przez NSZZ Solidarność w 2010 r., w którym znajdują się w nim szczątki bł. ks. Jerzego Popiełuszki, św. abp. Zygmunta Szczęsnego-Felińskiego, św. siostry Faustyny Kowalskiej oraz św. abp. Józefa Bilczewskiego.
Od 1968 r. ojcowie i bracia paulini z jasnogórskiego klasztoru chowani są poza obrębem sanktuarium, na miejskim cmentarzu św. Rocha, gdzie znajdują się dwa paulińskie grobowce. Starszy ozdobiony jest wizerunkiem Matki Bożej Jasnogórskiej, nad nowszym (z 1990 r.) góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego.
We wtorek, w uroczystość Wszystkich Świętych, po południu zostaną odprawione uroczyste nieszpory z wypominkami za zmarłych, połączone z procesją po bazylice i Kaplicy Matki Bożej. W czasie nabożeństwa przywoływane są imiona i nazwiska zmarłych paulinów, organistów i muzyków jasnogórskich, konfratrów i dobrodziejów sanktuarium i zakonu, zwłaszcza tych, którzy spoczywają na Jasnej Górze.