Polski Związek Piłki Nożnej odniósł się w oficjalnym piśmie do treści wystąpienia pokontrolnego minister sportu Joanny Muchy. W liczącej prawie dziewięć stron odpowiedzi prezes Grzegorz Lato stanowczo odrzucał zarzuty pod adresem zarządu.
We wstępie dokumentu prezes PZPN oświadczył, że otrzymany 5 kwietnia 2012 roku protokół, sporządzony po trwającej ok. trzy miesiące kontroli, nie zawierał podstaw do wystawienia zarządowi negatywnej oceny. Nie wskazano w nim zakresu i rodzaju nieprawidłowości, ani osób za nie odpowiedzialnych.
Z kolei treść wystąpienia pokontrolnego minister sportu Joanny Muchy nie jest identyczna z oceną zawartą w protokole podpisanym w kwietniu, uważa Grzegorz Lato.
Minister Mucha zwróciła m.in. uwagę na sposób odwołania z funkcji sekretarza generalnego PZPN Zdzisława Kręciny. Zarząd dokonał tego 30 listopada ubiegłego roku w głosowaniu tajnym, ale bez wcześniejszego powołania komisji skrutacyjnej, która liczyłaby głosy.
Według Laty, sekretarz generalny PZPN jest organem niezależnym od zarządu PZPN, a Ministertstwo Sportu i Turystyki nie ma wobec niego uprawnień ani decyzyjnych, ani kontrolnych, w związku z czym "komentowanie tej sprawy przez organ nadzorujący (...) stanowi wkroczenie w sferę autonomii działania stowarzyszenia". Prezes PZPN dodał, że powołanie komisji skrutacyjnej jest obowiązkowe tylko wówczas, gdy przynajmniej 1/3 zgromadzonych zgłosi żądanie tajnego głosowania, natomiast w tym przypadku tylko jedna osoba zgłosiła taki wniosek.
Inny zarzut dotyczył braku reakcji Walnego Zgromadzenia na nieotrzymanie absolutorium przez członków zarządu. Podczas zjazdu w listopadzie 2011 nie uzyskało go ośmiu z 17 osób działających w tym gremium.
W odpowiedzi Lato przekonywał, że absolutorium uzyskali wszyscy członkowie w jednym głosowaniu zbiorowym w sposób jawny. Zaznaczył, że przepis o udzielaniu absolutorium każdemu członkowi z osobna jest kuriozum prawnym, które zostało "wprowadzone na wniosek delegatów prawdopodobnie niezadowolonych z wyników wyborów w dniu 30 października 2010 roku".
Ministerstwo Sportu i Turystyki wskazało również nieprawidłowości w funkcjonowaniu Walnego Zgromadzenia, m.in. spóźnione zatwierdzenie sprawozdań finansowych. Z kolei PZPN zaznaczył, że termin zatwierdzenia takich sprawozdań został uzgodniony z Urzędem Skarbowym w Warszawie i upływa dopiero w ostatnim kwartale roku kalendarzowego, a nie - jak twierdzi MSiT - 30 czerwca.
Krytyka pod adresem PZPN dotyczyła też uchybień w działalności zarządu PZPN w postaci m.in. nieprzestrzegania zalecanej częstotliwości obrad, niekonsekwencji we wskazywaniu podstaw prawnych podejmowanych uchwał i niepełnej, bądź nawet braku realizacji niektórych uchwał Walnego Zgromadzenia. Do każdego z tych zarzutów Lato odnosił się z osobna.