Po 1989 roku tylko częściowo rozliczono w sądach zbrodnie aparatu władzy PRL. Wymiar sprawiedliwości napiętnował wprawdzie na przykład wprowadzenie stanu wojennego czy masakrę robotników w 1970 roku, ale nie osądzono wszystkich winnych. Bezkarnych pozostało też wiele zbrodni stalinowskich.
Zaraz po przełomie 1989 roku zaczęto mówić o konieczności osądzenia winnych przestępstw aparatu władzy PRL. Wymierzanie sprawiedliwości napotykało jednak liczne przeszkody. Środowiska lewicowo-liberalne przestrzegały przed "polowaniami na czarownice", środowiska prawicowe zarzucały pierwszym "solidarnościowym" rządom niechęć do ścigania zbrodni PRL, wynikającą z "tajnych układów z komunistami przy okrągłym stole".
W najważniejszych sprawach podejmowano śledztwa. Niewiele skończyło się jednak wyrokami skazującymi. Na przeszkodzie często stawał zły stan zdrowia będących w podeszłym wieku oskarżonych. Z tego powodu zawieszono np. dwa procesy generałów - Wojciecha Jaruzelskiego i Czesława Kiszczaka. Część spraw, które trwały nawet po kilkanaście lat, kończyła się wyrokami uwalniającymi od winy lub kary, m.in. z powodu przedawnienia.
Najwięcej emocji budziła sprawa odpowiedzialności za stan wojenny. Według ustaleń sejmowej komisji nadzwyczajnej, która w latach 1989-1991 badała zbrodnie aparatu władzy z tego okresu, było wtedy co najmniej 91 ofiar śmiertelnych. W 1996 roku Sejm, głosami koalicji rządowej SLD-PSL, umorzył postępowanie wobec osób odpowiedzialnych za wprowadzenie stanu wojennego - nie zgodził się, by Jaruzelski, Kiszczak i inni członkowie byłej Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego i byłej Rady Państwa odpowiadali przed Trybunałem Stanu.
W 2011 roku Trybunał Konstytucyjny uznał, że dekrety o stanie wojennym Rada Państwa PRL przyjęła niezgodnie nawet z prawem PRL. Rok później Sąd Okręgowy w Warszawie orzekł, że stan wojenny nielegalnie wprowadziła tajna grupa przestępcza o charakterze zbrojnym pod wodzą gen. Jaruzelskiego w celu likwidacji NSZZ "Solidarność", zachowania ustroju komunistycznego oraz osobistych pozycji we władzach. Sąd skazał wówczas Kiszczaka na 2 lata więzienia w zawieszeniu za udział w tej grupie. Od zarzutu uniewinniono zaś b. I sekretarza KC PZPR Stanisława Kanię.
W 2007 roku śledczy z katowickiego IPN-u oskarżyli dziewięć osób. Proces ruszył w 2008 roku. Kilku oskarżonych jednak zmarło, sprawy innych wyłączano z powodu złego stanu ich zdrowia. Sprawę Jaruzelskiego sąd zawiesił w 2011 roku.
W 2008 roku, po trzech procesach, Sąd Apelacyjny w Katowicach skazał prawomocnie na kary od 3,5 roku do 6 lat więzienia 14 byłych członków plutonu specjalnego ZOMO, którzy w grudniu 1981 roku zastrzelili 9 górników kopalni "Wujek", protestujących przeciw wprowadzeniu stanu wojennego. Utrzymując w 2009 roku te wyroki, Sąd Najwyższy podkreślił, że użyli oni broni bezprawnie, gdyż nie byli w bezpośrednim zwarciu z górnikami, ich życiu nie groziło niebezpieczeństwo, a "strzały były mierzone". Skazano ich tylko za "udział w śmiertelnym pobiciu z użyciem niebezpiecznego narzędzia", bo aby skazać za zabójstwo, trzeba ustalić, kto konkretnie strzelał do kogo - co było niemożliwe wskutek matactw władz zaraz po tragedii oraz zmowy milczenia oskarżonych.
W 2013 roku, z powodu stanu zdrowia 88-letniego Kiszczaka, warszawski sąd zawiesił jego piąty proces za przyczynienie się do śmierci górników z "Wujka". W początku lat 90. prokuratura oskarżyła go, że w 1981 roku przekazał dowódcom oddziałów MO swe uprawnienia do wydania rozkazu użycia broni przy odblokowywaniu strajkujących zakładów. Pierwszy proces ruszył w 1994 roku, w 1996 sąd uniewinnił go. W 2004 roku skazał na 2 lata więzienia w zawieszeniu. Dwa lata później sprawę umorzono z powodu przedawnienia. W 2011 roku ponownie go uniewinniono. Wyroki te uchylała potem wyższa instancja.
Nie udało się do końca rozliczenie śmiertelnego pobicia w 1983 r. 19-letniego maturzysty Grzegorza Przemyka przez milicję w Warszawie. W 1997 r. na 2 lata więzienia skazano wprawdzie Arkadiusza Denkiewicza, który nawoływał do bicia, ale nie odsiedział on ani dnia (lekarze uznali go za niezdolnego do odbycia kary). Z kolei, po pięciu procesach, w 2009 r. umorzono z powodu przedawnienia sprawę milicjanta Ireneusza K., który zatrzymał Przemyka i miał go bić. W 2012 r. IPN umorzył z tego samego powodu śledztwo ws. utrudniania w latach 80. przez władze wyjaśniania pobicia Przemyka. W 2013 r. Europejski Trybunał Praw Człowieka orzekł, że dopuszczając do przedawnienia sprawy, Polska naruszyła konwencję praw człowieka.
Do dziś nie wyjaśniono okoliczności śmierci związanego z opozycją studenta Stanisława Pyjasa, którego znaleziono martwego w 1977 r. w Krakowie. Prokuratura umorzyła wtedy śledztwo, uznając, że przyczyną śmierci był upadek ze schodów; opozycja mówiła o zabójstwie politycznym. Obecnie trwa piąte śledztwo, prowadzone przez krakowski IPN. Instytut Ekspertyz Sądowych w 2012 r. potwierdził możliwość upadku ze schodów; uznał też, że nie można ustalić, czy Pyjas spadł sam czy go zepchnięto.
W 1994 r. Sąd Wojewódzki w Warszawie niejednomyślnie uniewinnił z braku dowodów generałów SB Władysława Ciastonia i Zenona Płatka z zarzutu podżegania do zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki. Kapelana Solidarności porwali i bestialsko zamordowali w 1984 r. oficerowie SB: Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski i Leszek Pękala. W 1985 r. sąd w Toruniu skazał Piotrowskiego na 25 lat więzienia, Pękalę - na 15 lat, Chmielewskiego - na 14, a ich zwierzchnika Adama Pietruszkę - na 25. Nie odbyli kar w całości; zmniejszyła im je amnestia. Najdłużej - 15 lat w więzieniu był Piotrowski, który w 1995 r. wrócił do więzienia po uznaniu przez SN rewizji nadzwyczajnej ministra sprawiedliwości Włodzimierza Cimoszewicza.
W 2013 r. - po 18 latach od wniesienia aktu oskarżenia ws. masakry robotników Wybrzeża w grudniu 1970 r. - Sąd Okręgowy w Warszawie uznał za "bezprawną i przestępczą" decyzję władz PRL o użyciu broni przeciw robotnikom protestującym w związku z podwyżkami cen. Sąd podkreślił, że w polskim prawie nie obowiązuje teoria "ślepych bagnetów", która zakłada bezwzględne posłuszeństwo rozkazowi wojskowemu. Sąd niejednogłośnie uniewinnił od zarzutu "sprawstwa kierowniczego" zabójstwa robotników b. wicepremiera Stanisława Kociołka. Dwaj b. oficerowie wojska Mirosław W. i Bolesław F. zostali skazani na dwa lata w zawieszeniu. W 2011 r. zawieszono sprawę ówczesnego szefa MON gen. Jaruzelskiego.
Od 2000 r. trwa śledztwo IPN w sprawie poznańskiego czerwca 1956 r. - zabicia przez wojsko i UB ok. 50 osób, spowodowania obrażeń ciała 240 osób i bezprawnych pozbawień wolności oraz znęcania się nad zatrzymanymi uczestnikami wydarzeń.
Mimo upływu lat, przed sądami stawiano niektórych funkcjonariuszy aparatu przemocy z lat stalinizmu. W 1994 r. Sejm potępił "zbrodniczą działalność" UB i Informacji Wojskowej, odpowiedzialnych za cierpienia i śmierć wielu tysięcy polskich obywateli.
Najgłośniejszym procesem funkcjonariuszy UB była sprawa płk. Adama Humera i jego 11 podkomendnych. W 1996 r. stołeczny sąd wymierzył im kary od 2 do 9 lat więzienia za znęcanie się nad więźniami politycznymi w latach 1946-1954. Najwyższy wyrok dostał 82-letni Humer, b. szef departamentu śledczego MBP. W 1998 r. sąd odrzucił apelacje Humera i innych; z powodów formalnych części nieznacznie obniżono wyroki, m.in. Humerowi (z 9 lat do 7,5 roku).
W 2012 r. Sąd Okręgowy w Warszawie skazał na 8 lat więzienia 89-letniego b. chorążego UB Jerzego R. za zastrzelenie w 1946 r. b. żołnierza AK Władysława Urbanka. Sąd uznał, że R. zastrzelił Urbanka nie w obronie koniecznej - jak twierdził - ale działając z zamiarem zabójstwa. W kwietniu 2014 r. były oficer UB 89-letni Jerzy K. został prawomocnie skazany przez warszawski sąd na dwa lata więzienia za znęcanie się nad więźniem politycznym okresu stalinowskiego.
Przed sądami stawali też funkcjonariusze Informacji Wojskowej. Pierwszy wyrok na oficera Informacji zapadł w 1998 r. Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie skazał na 1,5 roku więzienia 75-letniego Wincentego Romanowskiego za znęcanie się nad więźniem w 1946 r. Metody oskarżonego niczym nie różniły się od metod gestapo - uznał sąd.
Nigdy nie skazano prawomocnie sędziego, który wydawał wyroki pod dyktando UB i IW. Z powodu śmierci w 1998 r. 83-letniej sędzi Marii Górowskiej, nie doszło do precedensowego procesu o "zabójstwo sądowe", jakiego się dopuściła. W 1952 r., po sfingowanym procesie, skazała ona na śmierć bohatera AK gen. Augusta Fieldorfa, pseud. "Nil". W 2008 r. w Wlk. Brytanii zmarła zaś 89-letnia Helena Wolińska, stalinowska prokurator wojskowa, której wydania od Londynu bez skutku żądał pion śledczy IPN. Zarzucono jej bezprawne aresztowanie 24 osób w latach 50., w tym gen. Fieldorfa.
Według ustawy o IPN, w 2030 r. przedawniają się zabójstwa polityczne z PRL, a w 2020 r. - wszystkie inne zbrodnie komunistyczne. W 2010 r. Sąd Najwyższy uznał zaś za przedawnione te zbrodnie, które są zagrożone karą do 5 lat więzienia.