To jedna z najkrótszych wojen i jedno z najbardziej spektakularnych zwycięstw w historii Izraela.
16 maja prezydent Egiptu Gamal Abdel Naser zażądał, aby siły pokojowe ONZ, rozdzielające wojska egipskie i izraelskie, zostały wycofane. Stało się to trzy dni potem. Naser uważał, że armia egipska, wsparta przez sojuszników arabskich będzie w stanie pokonać Izrael i zmienić niekorzystne dla siebie ustalenia po kryzysie sueskim w 1956 roku. Wkrótce wojska egipskie zajęły strefę Gazy i zamknęły Zatokę Akaba dla statków izraelskich. Ruchy wojsk w kierunku granic Izraela zaobserwowano także w Syrii, Jordanii, Iraku i Arabii Saudyjskiej. W tej sytuacji, dowództwo izraelskie postanowiło uprzedzić działania przeciwnika i zaatakować pierwsze. 5 czerwca rano, lotnictwo izraelskie z chirurgiczną precyzją zaatakowało kilkanaście lotnisk egipskich, niszcząc 309 samolotów.
W godzinach południowych Izraelczycy zbombardowali z kolei lotniska jordańskie, syryjskie i irackie. W sumie zniszczono tam ponad 100 samolotów. W ten sposób, już w pierwszym dniu wojny, Izrael zapewnił sobie panowanie w powietrzu. W godzinę po ataku lotniczym, Izrael wysłał do Strefy Gazy i na Półwysep Synaj silne jednostki pancerne. Egipskie linie obrony zostały błyskawicznie przełamane.
7 czerwca Izraelczycy doszli do Kanału Sueskiego, zajmując cały Półwysep Synaj. Egipt został pobity, a jego armia przestała istnieć. Na froncie jordańskim działanie wojenne rozpoczęły się przed południem 5 czerwca. Po kilkugodzinnym przygotowaniu artyleryjskim, Jordańczycy ruszyli do ataku, opanowując strefę zdemilitaryzowaną, którą wcześniej kontrolowały Błękitne Hełmy. Po południu Izraelczycy przeszli do kontrataku. Po dwóch dniach walk Jordańczycy, ponosząc ciężkie straty zostali zmuszeni do odwrotu. 7 czerwca Izraelczycy zajęli całą Jerozolimę i Zachodni Brzeg Jordanu. Dzień później Jordania poprosiła o przerwanie ognia.
Na froncie syryjskim sytuacja początkowo rozwijała się niepomyślnie dla Izraela. Syria na Wzgórzach Golan miała 40 tysięcy żołnierzy, 265 umocnionych stanowisk artyleryjskich i 200 czołgów. Przez trzy dni, od 6 czerwca artyleria syryjska prowadziła nieprzerwany ostrzał pozycji izraelskich we Wschodniej Galilei, a także niszczyła domostwa osadników żydowskich. 7 czerwca wdarli się 20 km w głąb Izraela. Dzień później Izraelczycy błyskawicznie przegrupowali swe wojska na front syryjski. 9 czerwca Izraelskie jednostki pancerne, wspierane przez lotnictwo rozpoczęli kontrofensywę, zmuszając Syryjczyków do ucieczki. 10 czerwca armia izraelska opanowała Wzgórza Golan i weszła 50 km wgłęb Syrii. Droga do stolicy kraju, Damaszku była otwarta. 10 czerwca, o godzinie 18:30, po interwencji ONZ działania wojenne ustały.
Wojna sześciodniowa zakończyła się druzgocącym zwycięstwem Izraela.. Straty Izraela wyniosły 679 zabitych i 2,5 tysiąca rannych. Straty Egiptu, Syrii i Jordanii wyniosły prawie 19 tysięcy zabitych.