Tajne śledztwo w sprawie domniemanych więzień CIA w Polsce zostało przekazane do Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie. Od sierpnia 2008 roku było prowadzone w Warszawie. Decyzję o przeniesieniu śledztwa pod koniec stycznia podjął prokurator generalny Andrzej Seremet.
Rzecznik Prokuratury Generalnej Mateusz Martyniuk nie chciał powiedzieć, co wpłynęło na decyzję prokuratora generalnego o przeniesieniu śledztwa. Przesłanki podjęcia tej decyzji, jak zresztą całe śledztwo, mają charakter ściśle tajny - powiedział Martyniuk. Z kolei rzecznik Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie Piotr Kosmaty potwierdził jedynie, że materiały dotyczące śledztwa rzeczywiście wpłynęły już do prokuratury. On też odmówił poinformowania o tym, dlaczego śledztwo przejęła prokuratura krakowska.
W listopadzie zeszłego roku prokurator Waldemar Tyl z Prokuratury Apelacyjnej w Warszawie zapowiadał, że w drugiej połowie tego roku można spodziewać się zakończenia postępowania. Od blisko czterech lat prokuratura bada, czy polskie władze zgodziły się na utworzenie w Polsce tajnych więzień CIA w latach 2002-2003. Sprawdzane jest także czy ktoś z polskich władz nie przekroczył uprawnień, godząc się na tortury, jakim w Polsce mieli być poddawani podejrzewani o terroryzm. W 2009 roku prokuratura przyznała tylko, że śledczy potwierdzili "kilkanaście lotów na lotnisko w Szymanach", w którego pobliżu miało się znajdować takie więzienie.
Dwóch przetrzymywanych w amerykańskiej bazie Guantanamo - Abd al-Rahim al-Nashiri oraz Abu Zubaydah - twierdzi, że byli torturowani przez CIA w Polsce i mają w polskim śledztwie status pokrzywdzonych. Fakt ten nie oznacza jednak przyznania, że w Polsce faktycznie były więzienia CIA.
Domniemanie, że w Polsce - i kilku innych krajach europejskich - mogą być tajne więzienia CIA, pojawiło się w 2005 roku. Wysunęła je organizacja Human Rights Watch. Według niej, takie więzienie w Polsce miało się znajdować na terenie szkoły wywiadu w Kiejkutach lub w pobliżu wojskowego lotniska w Szymanach na Mazurach. Istnieniu takich więzień wielokrotnie zaprzeczali polscy politycy, m.in. ówczesny prezydent Aleksander Kwaśniewski.
Dwa lata temu ujawniono, że oficjalny rejestr lotów do Szyman potwierdza, że w 2003 roku co najmniej sześć razy lądowały tam samoloty powiązane z CIA. Raport ONZ sformułował zaś przypuszczenie, że w latach 2003-2005 w Kiejkutach przetrzymywano ośmiu podejrzanych o terroryzm więźniów.