Trumny Lecha i Marii Kaczyńskich spoczęły w niedzielę we wspólnym sarkofagu w Krypcie pod Wieżą Srebrnych Dzwonów na Wawelu. Po godz. 20. 30, gdy ostatni żałobnicy opuścili zamek, pierwsze osoby mogły złożyć hołd prezydenckiej parze. Po południu w Bazylice Mariackiej odprawiono uroczysta mszę pogrzebową.
Pogrzeb na Wawelu odbywał się z zachowaniem elementów ceremoniału wojskowego: była asysta wojskowa, pododdziały Wojska Polskiego i orkiestra wojskowa. Kondukt z trumnami Lecha i Marii Kaczyńskich przybył na Wawel przed godz. 17.30. Tuż przed samym Wawelem lawety armatnie, na których przewożono trumny z Bazyliki Mariackiej, zatrzymały się, dalej żołnierze ponieśli trumny na ramionach.
W Katedrze Wawelskiej trumny z ciałami Pierwszej Pary spoczęły przed ołtarzem koronacyjnym królów polskich na katafalkach nakrytych czarną tkaniną z motywami lilii andegaweńskiej.
W krótkiej liturgii uczestniczyli rodzina i przyjaciele zmarłych, przedstawiciele polskich władz oraz delegacje z zagranicy. Obecny był także prezydent Gruzji Micheil Saakaszwili, który przybył do Krakowa spóźniony i nie uczestniczył w mszy pogrzebowej w Bazylice Mariackiej.
Po nabożeństwie, tzw. ostatniej stacji, trumny z ciałami zostały zniesione do Krypty pod Wieżą Srebrnych Dzwonów, w której spoczywa marszałek Józef Piłsudski. W tej części uroczystości obecni byli tylko najbliższa rodzina i przyjaciele zmarłych. O godzinie 18 salwy armatnie obwieściły koniec ostatniej drogi Pierwszej Pary.
Trumny z ciałami pary prezydenckiej zostały złożone w sarkofagu wykonanym z onyksu miodowego. Ma on prostą, szlachetną formę prostopadłościanu. Na górnej płycie wykuto duży znak krzyża, na dłuższym boku umieszczono imiona i nazwiska pary prezydenckiej.
Po złożeniu w krypcie na Wawelu trumien Marii i Lecha Kaczyńskich rozbrzmiało z sześciu armat 21 salw armatnich w hołdzie parze prezydenckiej.
Przed 21., a więc po tym, jak Wzgórze Wawelskie opuściły oficjalne delegacje i wszyscy uczestnicy pogrzebu, do krypty wawelskiej zaczęli przychodzić ci, którzy chcą złożyć hołd parze prezydenckiej.
Po uroczystej mszy w Bazylice Mariackiej kondukt żałobny z trumnami pary prezydenckiej dotarł z krakowskiego Rynku do Katedry na Wawelu ostatnim odcinkiem Drogi Królewskiej - ulicą Grodzką. Gdy trumny opuściły świątynię, rozległy się oklaski. Zebrani krzyczeli: "Dziękujemy! Lech Kaczyński!". Intonowano hymn państwowy.
W kondukcie - jak oceniają reporterzy RMF FM - przeszło co najmniej kilka tysięcy osób. Prowadzili go biskupi. Na przedzie maszerowała orkiestra wojskowa, asysta honorowa złożona z przedstawicieli wszystkich rodzajów Sił Zbrojnych; następnie - tuż przed trumnami - czterech przedstawicieli Kościoła, wśród nich kardynał Stanisław Dziwisz.
Trumny pary prezydenckiej przewożono na lawetach armatnich, obok których szło po czterech podhalańczyków. Tuż za nim w kondukcie szła rodzina Lecha i Marii Kaczyńskich, przedstawiciele polskich władz i pozostali goście. Gdy kondukt żałobny był na wysokości Krzyża Katyńskiego, rozdzwonił się Dzwon Zygmunta.
Delegacje zagraniczne pozostały w bazylice, aby wysłuchać koncertu Filharmoników Berlińskich. Po wysłuchaniu koncertu zostali przewiezieni na Wawel, gdzie wzięli udział w ostatnim pożegnaniu pary prezydenckiej.
